ინსტიტუტი დაარსდა 1929 წლის 1 თებერვალს. ინსტიტუტის დაარსება დაკავშირებული იყო ქვეყნის განვითარების აუცილებლობასთან - სასარგებლო წიაღისეულის საბადოთა აღმოჩენასა, შესწავლასა და ათვისებასთან.
 

    მე-20 საუკუნის 20-ან წლებში მოსკოვში შეიქმნა გამოყენებითი მინერალოგიის ინსტიტუტი - შემდგომში მინერალური ნედლეულის საკავშირო ინსტიტუტი. Всесоюзный институт минерального сырья (ВИМС).

1929 წელს პროფესორ ალექსანდრე თვალჭრელიძის ინიციატივით თბილისის სახელმწიფო უნივერსიტეტის ბაზაზე ჩამოყალიბდა ВИМС-ის ამიერკავკასიის ფილიალი, რომელიც შემდეგ გადაკეთდა კავკასიიის მინერალური ნედლეულის ინსტიტუტად (კმნი) და საბოლოოდ დამკვიდრდა ფალიაშვილის ქ. # 85-ში.

  

    ინსტიტუტის დაარსებიდან 1957 წლის ივლისში გარდაცვალებამდე  მისი დირექტორი იყო საქართველოს მეცნიერებათა აკადემიის პირველი შემადგენლობის აკადემიკოს_^-დამფუძნებელი  ა. თვალჭრელიძე, შემდეგ კი, თანამიმდევრობით: გ.ქომეთიანი (1957-1970), ნ.გომელაური (1970-1977), თ.ჯანელიძე (1977-2001), თ.სპარსიაშვილი (2001-2003), დ. არევაძე (2003-2005).

ამჟამად ინსტიტუტს ხელმძღვანელობს გეოლოგია-მინერალოგიის მეცნიერებათა დოქტორი, საქართველოს საინჟინრო აკადემიის აკადემიკოსი, რევაზ კვატაშიძე, ხოლო სამეცნიერო საბჭოს –ინჟინერიის  დოქტორი ნესტან გეგია.

განათლებისა და მეცნიერების მინისტრის 2007 წლის 17 ოქტომბრის # 980 ბრძანებით დამტკიცებულია ინსტიტუტის წესდება.

საქართველოს მთავრობის  2010 წლის 10 სექტემბრის  # 274 დადგენილების საფუძველზე -რეორგანიზებულ იქნა საჯარო სამართლის იურიდიული პირი- კავკასიის ალექსანდრე თვალჭრელიძის მინერალური ნედლეულის ინსტიტუტი სსიპ- ივანე ჯავახიშვილის სახელობის თბილისის სახელმწიფო უნივერსიტეტის სტრუქტურულ ერთეულად -დამოუკიდებელ სამეცნიერო ერთეულად მასთან შეერთების გზით.   სსიპ - ივანე ჯავახიშვილის სახელობის თბილისის სახელმწიფო უნივერსიტეტის აკადემიური საბჭოს მიერ 2017 წლის 1 მაისის დადგენილებით  №41/2017 დამტკიცებულია
დამოუკიდებელი სამეცნიერო-კვლევითი ერთეულის - ალექსანდრე თვალჭრელიძის სახელობის მინერალური ნედლეულის კავკასიის ინსტიტუტის დებულება.

ამჟამად ინსტიტუტში ფუნქციონირებს 8 სამეცნიერო-კვლევითი განყოფილება, სადაც გაერთიანებულია 12 მთავარი მეცნიერ თანამშრომელი, 16 უფროსი მეცნიერ თანამშრომელი და 28 მეცნიერ-თანამშრომელი. გარდა ამისა, სამეცნიერო-კვლევით განყოფილებებში დასაქმენულია 27 წამყვანი ინჟინერი და 4 ინჟინერი. ამასთანავე თბილისის სახელმწიფო და საქართველოს ტექნიკური უნივერსიტეტებიდან მოზიდულია 7 ახალგაზრდა სპეციალისტი.